Sanktuarium maryjne to ośrodek kultu religijnego związany z osobą Matki Bożej. Kult związany jest z miejscem objawienia lub cudownym wizerunkiem Matki Chrystusa.
Z kultem Męki Pańskiej związany jest od samego początku kult wizerunku Matki Bożej, znajdującego się w bocznym ołtarzu kościoła. Kronika klasztorna, pod datą 20 VI 1654r., zawiera zalecenia umieszczenia w bocznym ołtarzu obrazu przedstawiającego Najświętszą Maryję Pannę z Dzieciątkiem, stojącą na księżycu. Można powiedzieć, że od tamtej pory, Maryja stanęła u stóp Kalwarii. Jedno z drugim zaczęło się uzupełniać i tworzyć czytelną teologię dla wiernych, którzy modlili się przed wizerunkiem Matki Bożej, a później, pielgrzymując po Kalwarii, rozpamiętywali mękę Jezusa. Najnowsze badania wykazały, że jest to obraz pochodzący z II połowy XVII w., nieznanego autorstwa i stanowi on najcenniejszy skarb Wejherowa. Cudowny Obraz Madonny Wejherowskiej znajduje się w prawym bocznym ołtarzu kościoła klasztornego. Jest to obraz olejny o wymiarach 194 x 81,7 cm, namalowany na płótnie. Przedstawia postać Maryi, która na swej lewej ręce trzyma Dzieciątko Jezus, zaś w prawej złote berło. Jej prawe ucho, ozdobione kolczykiem, jest odsłonięte tak, jakby słuchała próśb wiernych, którzy się do Niej zwracają. Siedzące na ramieniu Madonny Dzieciątko, trzyma w swej prawej rączce czerwoną różę, a lewą podtrzymuje błękitne jabłko królewskie. Warto wspomnieć w tym miejscu o róży, która dla wejherowiaków jest tą samą różą z herbu miasta. Niestety, nie ma wielu bezpośrednich źródeł, które by mówiły o kulcie Matki Bożej Wejherowskiej w okresie od XVII do XIX w. Wzrastał on dzięki wzmożonej czci maryjnej pielęgnowanej w duchu zakonu franciszkańskiego. Zasadnicze znaczenie dla rozwoju czci maryjnej miała ożywiona działalność duszpasterska, kaznodziejska, kalwaryjska i oświatowa wejherowskich zakonników. Zachowały się dokumenty, według których papież Pius IX udzielił w dniu 6 VI 1862r. odpustu zupełnego pod określonymi warunkami wszystkim odwiedzającym kościół św. Anny w czasie Świąt Narodzenia, Zwiastowania, Oczyszczenia i Wniebowzięcia. Kult maryjny ukazany jest w zachowanych od XVIII w. wejherowskich modlitewnikach kalwaryjskich. Szczególny jego rozwój datuje się od 1953r. Wtedy to również zaczęto zasłaniać Cudowny Obraz. Po raz pierwszy uroczyste odsłonięcie nastąpiło w święto Matki Bożej Gromnicznej, czyli 2 II 1953r. W trakcie trwania uroczystości, gorliwy propagator kultu maryjnego o. Salwator Augustyniak, nawiązał w swoim kazaniu do dawnej tradycji czci maryjnej w wejherowskiej świątyni:„Albowiem obecnie nadchodzi czas, aby odnowić dawny kult Matki Bożej, o którym słyszeliście od swoich przodków, że tutaj w Wejherowie, był on zawsze żywy za czasów dawnych zakonników, wypędzonych przez Prusaków w l875r”. W maju 1974r. przed Cudownym Obrazem Pani Wejherowskiej przybył, jako pielgrzym Prymas Polski ks. kard. Stefan Wyszyński, który zachęcił do opracowania dziejów kultu jako przygotowanie do przyszłej koronacji koronami papieskimi. 13 VIII 1980r. podczas audiencji generalnej na placu św. Piotra, papież Jan Paweł II otrzymał płaskorzeźbę Matki Bożej Wejherowskiej. Przy tej okazji zachęcił on wówczas ówczesnego gwardiana o. Benedykta Niemca do kontynuowania wysiłków zmierzających do koronacji papieskiej. 11 II 1987r. podczas Mszy św., we wspomnienie NMP z Lourdes, 17 grup czcicieli Matki Bożej Wejherowskiej, złożyło prośbę o koronację. Był to wyraz wiary w Jej wstawienniczą moc. Od tego momentu dzień 11 –tego każdego miesiąca stał się szczególnym dniem, w którym wierni gromadzą się przed Cudownym Obrazem. W roku 1990 w czasie nabożeństw odbywających się 11 –tego, włączono intencje Polaków, którzy mieszkają poza granicami naszego kraju. Fakt ten wpłynął na rozszerzenie się kultu Matki Bożej Wejherowskiej również w innych krajach. Potwierdzają to kopie obrazu, które znajdują się w kaplicach i kościołach misyjnych w Indonezji, Brazylii, Dominikanie i Boliwii, a także w Argentynie i USA. Po raz kolejny kopię obrazu Pani Wejherowskiej otrzymał papież Jan Paweł II w czasie audiencji generalnej w auli Pawła VI dnia 3 VI 1992r. W 1996 roku, 4 X, metropolita gdański ks. abp Tadeusz Gocłowski w czasie obchodów Jubileuszu 50 –lecia powrotu franciszkanów do Wejherowa, podkreślił potrzebę uświetnienia Kalwarii koronowanym Obrazem Matki Bożej. 26 VII 1998r. w czasie odpustu św. Anny, gdy franciszkańska parafia obchodziła 25 –lecie swojego istnienia, gwardian o. Robert Nikel wręczył ks. abp. Tadeuszowi Gocłowskiemu dokumenty potrzebne do oficjalnego zwrócenia się do Stolicy Apostolskiej z prośbą o koronację Obrazu. Obraz Matki Bożej Wejherowskiej został ukoronowany przez papieża Jana Pawła II w Sopocie podczas pielgrzymki do Ojczyzny– 5 VI 1999r. Warto wspomnieć, jako ciekawostkę, że wejherowski Obraz jest jedynym na Kaszubach koronowanym przez samego papieża. Oficjalnym tytułem Madonny Wejherowskiej jest wezwanie Uzdrowienie Chorych na duszy i ciele. Z racji tego wezwania i licznych przypadkach uzdrowień duchowych i cielesnych pojawiło się w ostatnich latach nowa nazwa Wejherowa – kaszubskie Lourdes.