Muzeum powstało w 1971 roku na bazie eksponatów zebranych przez o. Teofila Zawieję i przekazanych na ręce o. Salezego Tomczaka, twórcy i kustosza Muzeum. Następne eksponaty przywiózł o. Eleuteriusz Kilmczak, misjonarz w Demokratycznej Republice Kongo, który w 1974 roku przybył do kraju na zasłużony odpoczynek. Przywiezione przez niego eksponaty to dzieła sztuki afrykańskiej, przedmioty kultu i codziennego użytku. Zbiory powiększały się przy okazji następnych odwiedzin misjonarzy pracujących w różnych krajach. Obecnie zbiór składa się z około 800 eksponatów. Najwięcej pochodzi z Konga i Boliwii. Spośród eksponatów kongijskich na uwagę zasługuje kolekcja kilkudziesięciu rzeźb z kości słoniowej, krzyże katangijskie i monety z VII wieku po narodzeniu Chrystusa a także fetysze, misternie rzeźbione laski – symbol władzy szczepowej, maski rytualne, broń, wyroby z malahitu, monety i banknoty, ciekawe okazy fauny i flory. Spośród eksponatów boliwijskich dużą wartość przedstawiają instrumenty muzyczne, m.in. caja (czytaj: kacha) – bębenek używany w okresie wielkanocnym, seco-seco, flety i inne. Ciekawostką jest miniatura słynnej bramy słońca – monumentalnej budowli, pochodzącej z czasów starożytnej kultury indiańskiej.
Ziemia Święta, zwana „Piątą Ewangelią”, a przez franciszkanów „Perłą misji”, jest to bowiem najstarsza i najczcigodniejsza misja franciszkańska, założona w 1217 roku, a więc w czasach św. Franciszka z Asyżu, znalazła swoje miejsce w zbiorach Muzeum dzięki darom o. Teofila Zawiei, o. Ekspedyta Lisieckiego i innych darczyńców. W pięciu gablotach możemy oglądać koronę cierniową, replikę figurki Dzieciątka Jezus z Betlejem, wyroby z masy perłowej, z drzewa oliwkowego, miniaturę tory, jarmułki żydowskie, publikacje w języku arabskim.
Kraje Dalekiego Wschodu są reprezentowane przez Chiny i Japonię – tradycyjne pola działalności misyjnej franciszkanów (w Chinach od XIII w., w Japonii od XVI). Na uwagę zasługuje Pismo Święte w języku chińskim, przetłumaczone i wydane przez franciszkanów ze sł. B. o. Gabrielem Allegrą na czele. Możemy podziwiać figurkę Matki Bożej w tradycyjnym stroju japońskim, czyli kimono, a także wizerunki Maryi i św. Józefa malowane lub haftowane na jedwabiu.
Muzeum posiada ponadto eksponaty z Libii, Papui Nowej Gwinei, Madagaskaru, Mauritiusa.
Muzeum znajduje się przy domu zakonnym franciszkanów w Poznaniu na ul. Garbary 22. Można je zwiedzać po uprzednim zgłoszeniu do o. Leonarda Bieleckiego.
